芽胞形成菌として臨床的に重要な菌は、Bacillus属とClostridium属です。後者は偏性好気性菌です。
Bacillus属ではBacillus cereus（セレウス菌）とBacillus anthracis（炭疽菌）が代表的です。また、病原性はほとんどありませんが、Bacillus subtilis（枯草菌）も汚染菌として分離されることがあり、納豆を作る菌としても有名です。
Clostridium属では、Clostridium perfringes（ウェルシュ菌）、Clostridium botulinum（ボツリヌス菌）、Clostridium tetani（破傷風菌）、Clostridioides difficile（ディフィシル菌）*が重要です。
*ディフィシル菌はかつてClostridium属に分類されていましたが、Clostridioides属に再分類されました。
芽胞形成菌の共通する特徴は、毒素の産生が病原性と関連している点です。また、芽胞は耐熱構造であり、アルコールなどの消毒薬にも耐性を示します。
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